Wiele razy zostało już podkreślone, iż estoński CIT nie stanowi drogi ucieczki od obowiązków w zakresie cen transferowych. Temat ten przewijał się w różnorodnych komunikatach od Ministerstwa Finansów, w tym m.in. w „Przewodniku do ryczałtu od dochodów spółek”.

Ryczałt od dochodów spółek jest alternatywnym sposobem opodatkowania CIT w stosunku do klasycznego podatku dochodowego od osób prawnych. Ryczałt nie wyłącza jednak stosowania innych przepisów ustawy CIT, w tym m.in. obowiązków w zakresie cen transferowych. Ponadto, choć sądy oraz organy podatkowe w interpretacjach indywidualnych nieraz już wskazywały, że przepisy CIT mają zastosowanie mimo skorzystania z preferencji wynikających z estońskiego CIT, to nadal istniały sprzeczności w zakresie interpretacji przepisów. Wyrok NSA postawił jednak w tym aspekcie sprawę jasno.

Przedmiot sporu

W ramach prowadzonego postępowania spółka twierdziła, że nie musi posiadać dokumentacji cen transferowych. Swoje stanowisko argumentowała tym, że przepisy rozdziału 6b ustawy o CIT kompleksowo regulują zasady opodatkowania estońskim CIT i nie ma w nich odesłania do regulacji o cenach transferowych.

Nie zgodził się z nią jednak dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. Zwrócił on uwagę na to, że ustawa o CIT wprost wskazuje, które regulacje nie mają zastosowania do podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek. Wśród nich nie ma przepisów art. 11k–11t ani art. 11e ustawy o CIT. Zatem, wybór estońskiego CIT nie wyłącza stosowania przepisów o cenach transferowych. Tego samego zdania były sądy. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu (sygn. akt I SA/Po 697/22) zgodził się z fiskusem, że brak wyraźnego odesłania do art. 11k–11t czy art. 11e ustawy o CIT w rozdziale 6b tej ustawy nie oznacza, iż regulacje te przestają obowiązywać. Przepisy o cenach transferowych mają charakter ogólny i znajdują zastosowanie do wszystkich podatników CIT, o ile ustawa wyraźnie ich nie wyłącza – wyjaśnił WSA.

Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego

W wyroku z dnia 17 lutego 2026 r. o sygn. akt: II FSK 694/23, NSA zajął jednoznaczne stanowisko. W orzeczeniu czytamy, że w transakcjach pomiędzy podmiotami powiązanymi sama forma opodatkowania tych podmiotów podatkiem dochodowym nie może wyłączać zastosowania przepisów o charakterze ogólnym (art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT), bez wyraźnego zastrzeżenia ustawodawcy. Przepisy w zakresie cen transferowych (art. 11k – 11t oraz art. 11e) mają zastosowanie również do podatników, którzy wybrali estoński CIT jako formę opodatkowania. Tak więc, spełnienie przesłanek sporządzenia dokumentacji cen transferowych (w tym formularza TPR) za dany rok podatkowy (w przypadku ryczałtu rok podatkowy równy jest z rokiem obrotowym w rozumieniu przepisów o rachunkowości) jest równoznaczne z wystąpieniem obowiązków dokumentacyjnych u takiego podatnika.

Skąd wątpliwości? – tło problemu

Przepisy o cenach transferowych przewidują np. zwolnienie z obowiązków sporządzenia dokumentacji dla polskich podatników, którzy (poza innymi warunkami) nie osiągnęli straty podatkowej (na źródle dochodu, do którego zaliczana jest dana transakcja). Nasuwa się więc pytanie, w jaki sposób sprawdzić, czy podatnik rozliczający się zgodnie z zasadami estońskiego CIT, może skorzystać z takiego zwolnienia? Nie ma on bowiem obowiązku prowadzenia kalkulacji podatkowej, a podstawę opodatkowania stanowi zysk netto. A może taki podatnik, wybierając estoński CIT jako formę opodatkowania, odbiera sobie możliwość skorzystania ze wspomnianego zwolnienia?

Z drugiej strony, specyficzny sposób określania podstawy opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek i jednoczesny brak zmian w regulacjach w zakresie cen transferowych, może prowadzić do tezy, że problematyka dokumentacji cen transferowych w tym modelu opodatkowania w ogóle nie powinna występować.

Co oznacza w praktyce stanowisko NSA? Ceny transferowe

Dotychczas prezentowana przez organy podatkowe wykładnia oparta wyłącznie na literze prawa całkowicie pomija praktyczny aspekt funkcjonowania podatnika opodatkowanego ryczałtem w środowisku cen transferowych. Jednak, rozstrzygnięcie NSA nie pozostawia wątpliwości w tym zakresie.

Estoński CIT „nie upraszcza” cen transferowych i nie zwalnia z rzetelnego raportowania i monitorowania transakcji wewnątrzgrupowych, co ma kluczowe znaczenie zarówno przy ewentualnej kontroli skarbowej, jak i przy planowaniu dystrybucji zysków. W ostatnich latach, bowiem kontrole cen transferowych stały się jednym z najintensywniej rozwijanych obszarów nadzoru podatkowego w Polsce. O wysokim priorytecie cen transferowych w polityce fiskalnej świadczy między innymi niedawno powołane Centrum Kompetencyjne. Kontrola w zakresie cen transferowych może prowadzić nie tylko do doszacowania dochodu i naliczenia odsetek, lecz również do zastosowania sankcyjnych stawek podatkowych oraz odpowiedzialności karnoskarbowej osób zarządzających. W praktyce ryzyko to dotyczy także rozliczeń za kilka lat wstecz.