Problematyka ustalenia kosztów uzyskania przychodów przy sprzedaży udziałów objętych w wyniku przekształcenia spółki osobowej w kapitałową od lat pozostaje jednym z bardziej spornych zagadnień na styku prawa podatkowego i bilansowego. Organy podatkowe konsekwentnie prezentowały podejście restrykcyjne, prowadzące do istotnego zwiększenia podstawy opodatkowania, podczas gdy sądy administracyjne stopniowo kształtowały linię korzystną dla podatników.

Najnowszy wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 25 czerwca 2026 r., sygn. akt II FSK 589/23, wpisuje się w utrwalony już kierunek orzecznictwa i po raz kolejny potwierdza, że przy sprzedaży udziałów spółki z o.o. powstałej z przekształcenia spółki jawnej kosztem podatkowym powinna być wartość bilansowa majątku spółki z dnia przekształcenia. 

Rozstrzygnięcie to ma istotne znaczenie praktyczne dla przedsiębiorców, którzy dokonali lub planują reorganizację swojej działalności, a następnie rozważają zbycie udziałów. Jednocześnie nie oznacza ono całkowitego wyeliminowania ryzyk – praktyka organów podatkowych wciąż bywa niejednolita, a poprawne przygotowanie procesu przekształcenia oraz dokumentacji pozostaje kluczowe. 

Co mówią przepisy? 

Podstawowym problemem w analizowanej kwestii jest brak jednoznacznej regulacji ustawowej określającej, jak ustalić koszt uzyskania przychodów przy sprzedaży udziałów objętych w wyniku przekształcenia spółki osobowej w kapitałową. 

Zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o CIT, kosztem uzyskania przychodów przy zbyciu udziałów jest co do zasady wydatek poniesiony na ich objęcie lub nabycie. W klasycznej sytuacji mechanizm ten nie budzi wątpliwości – kosztem jest wartość faktycznie wniesionego wkładu pieniężnego lub niepieniężnego. 

W przypadku przekształcenia spółki osobowej w spółkę z o.o. mamy jednak do czynienia z sukcesją uniwersalną, w ramach której majątek spółki osobowej staje się majątkiem spółki kapitałowej, a wspólnicy obejmują udziały bez dokonywania klasycznego wkładu. To powoduje fundamentalne pytanie: czy kosztem jest historyczny wkład wspólnika do spółki osobowej, czy też wartość majątku „przeniesionego” do spółki kapitałowej? 

Brak jednoznacznej regulacji doprowadził do rozbieżności interpretacyjnych, które przez lata były źródłem licznych sporów. 

W praktyce przepisy to dopiero początek 

Organy podatkowe konsekwentnie prezentowały podejście, zgodnie z którym kosztem uzyskania przychodu przy sprzedaży udziałów powinna być historyczna wartość wkładów wniesionych do spółki osobowej, często skorygowana o dokonane rozliczenia podatkowe. 

Takie stanowisko prowadziło w praktyce do znacznego zawężenia kosztów podatkowych, zwłaszcza w sytuacjach, gdy wartość majątku spółki znacząco wzrosła w trakcie jej działalności. W efekcie dochodziło do opodatkowania wartości, która ekonomicznie nie stanowiła realnego dochodu wspólnika, lecz odzwierciedlała wzrost wartości przedsiębiorstwa. 

Na tle tej praktyki wykształciła się jednak jednolita linia orzecznicza sądów administracyjnych, zgodnie z którą decydujące znaczenie ma wartość bilansowa majątku spółki z dnia przekształcenia. 

W najnowszym wyroku z 25 czerwca 2026 r. (II FSK 589/23) NSA potwierdził to podejście, wpisując się w wcześniejsze rozstrzygnięcia, m.in. z 28 kwietnia 2026 r. (II FSK 885/23, II FSK 1140/23, II FSK 872/23), a także z 5 sierpnia 2021 r. (II FSK 593/21) oraz 12 maja 2021 r. (II FSK 912/19, II FSK 1004/19). 

Sąd kasacyjny konsekwentnie wskazuje, że przy przekształceniu dochodzi do swoistej „wymiany” majątku spółki osobowej na udziały spółki kapitałowej. Wartość tych udziałów powinna odpowiadać wartości majątku spółki na moment przekształcenia, a więc to właśnie ta wartość powinna stanowić punkt odniesienia przy ustalaniu kosztów podatkowych przy ich sprzedaży. 

Gdzie pojawia się największe ryzyko? 

Pomimo ugruntowanej linii orzeczniczej ryzyka podatkowe nie zostały całkowicie wyeliminowane. W praktyce doradczej można wskazać kilka kluczowych obszarów problemowych. 

Największe ryzyko dotyczy nieprawidłowego ustalenia wartości bilansowej majątku spółki na dzień przekształcenia. Wartość ta musi wynikać z rzetelnie sporządzonego sprawozdania finansowego, opartego na właściwych zasadach rachunkowości. Błędy w tym zakresie mogą zostać zakwestionowane w toku kontroli podatkowej i doprowadzić do podważenia wysokości kosztów podatkowych. 

Drugim istotnym problemem jest brak odpowiedniej dokumentacji potwierdzającej sposób wyceny składników majątku. Organy podatkowe mogą kwestionować zarówno przyjęte metody, jak i same wartości, zwłaszcza w przypadku aktywów o charakterze niematerialnym lub trudnych do wyceny. 

Trzecim obszarem ryzyka jest moment rozpoznania skutków podatkowych oraz ewentualne rozbieżności pomiędzy ujęciem bilansowym a podatkowym. Niejednokrotnie spotykamy się z sytuacjami, w których podatnik nie zapewnia spójności tych dwóch systemów, co stwarza dodatkowe pole do sporów. 

Nie można również wykluczyć dalszych prób kwestionowania tego podejścia przez organy podatkowe, szczególnie w indywidualnych stanach faktycznych, gdzie pojawiają się dodatkowe elementy, takie jak reorganizacje wieloetapowe czy aporty poprzedzające przekształcenie. 

Jak przygotować się na kontrolę? 

Z perspektywy praktyki pełnomocnika kluczowe znaczenie ma odpowiednie przygotowanie procesu przekształcenia oraz zabezpieczenie dowodów potwierdzających przyjęte wartości. 

W pierwszej kolejności należy zadbać o prawidłowe sporządzenie sprawozdania finansowego na dzień przekształcenia, w tym o rzetelną wycenę wszystkich składników majątku. W przypadku bardziej złożonych aktywów zasadne może być skorzystanie z opinii niezależnych ekspertów lub rzeczoznawców. 

Istotne jest także przygotowanie dokumentacji procesowej przekształcenia, w tym planu przekształcenia, wyceny majątku oraz uzasadnienia przyjętych założeń. Dokumenty te mogą stanowić kluczowy materiał dowodowy w sporze z organem podatkowym. 

Rekomendowane jest również przeprowadzenie analizy podatkowej jeszcze przed dokonaniem przekształcenia, obejmującej potencjalne skutki późniejszego zbycia udziałów. Takie podejście pozwala nie tylko ograniczyć ryzyko, ale również odpowiednio ukształtować strukturę transakcji. 

W sytuacji, gdy doszło już do sprzedaży udziałów, warto przygotować kompletną dokumentację uzasadniającą przyjęty sposób ustalenia kosztów podatkowych, w tym odniesienie do aktualnego orzecznictwa NSA. 

Dlaczego to takie ważne? 

Znaczenie analizowanego zagadnienia wynika przede wszystkim z jego wymiaru finansowego. Przyjęcie podejścia prezentowanego przez organy podatkowe mogłoby prowadzić do istotnego zawyżenia podstawy opodatkowania, a tym samym do zwiększenia obciążeń podatkowych przy zbyciu udziałów. 

Ugruntowanie korzystnej linii orzeczniczej przez NSA stanowi istotny element stabilizacji systemu podatkowego i wzmacnia bezpieczeństwo podatników. Jednocześnie nie można tracić z pola widzenia faktu, że organy podatkowe często kontynuują spory pomimo niekorzystnych wyroków, co oznacza, że ryzyko kontroli nadal pozostaje realne. 

Z perspektywy trendów kontrolnych można zaobserwować rosnące zainteresowanie organów reorganizacjami przedsiębiorstw oraz transakcjami kapitałowymi. W takich przypadkach szczególną uwagę zwraca się na poprawność rozliczeń podatkowych oraz zgodność dokumentacji z rzeczywistym przebiegiem zdarzeń gospodarczych. 

Jak możemy Cię wesprzeć? 

W takich sprawach kluczowe jest połączenie wiedzy podatkowej, rachunkowej oraz doświadczenia procesowego. Wsparcie ekspertów może obejmować zarówno analizę ryzyka jeszcze na etapie planowania przekształcenia, jak i przygotowanie dokumentacji oraz argumentacji podatkowej. 

Istotnym elementem jest także reprezentacja podatników w postępowaniach podatkowych oraz przed sądami administracyjnymi, w tym formułowanie strategii procesowej opartej na aktualnym orzecznictwie NSA. 

W praktyce doradczej szczególne znaczenie ma również bieżące monitorowanie zmian w podejściu organów podatkowych oraz identyfikacja potencjalnych obszarów spornych na możliwie wczesnym etapie.