Fundacja rodzinna została pomyślana przede wszystkim jako narzędzie wielopokoleniowej sukcesji oraz ochrony i pomnażania rodzinnego majątku. Praktyka kontrolna pokazuje jednak, że zainteresowanie organów obejmuje nie tylko bieżącą działalność fundacji, lecz także okoliczności poprzedzające jej utworzenie. Przedmiotem zainteresowania nie są już wyłącznie transakcje przeprowadzane z udziałem fundacji, lecz także działania podjęte jeszcze przed jej utworzeniem. Organy pytają między innymi o konsultacje z doradcą podatkowym.

Jak przebiega kontrola fundacji rodzinnej?

Kontrola fundacji rodzinnej przebiega zasadniczo według reguł właściwych dla kontroli pozostałych podatników podatku dochodowego od osób prawnych. Fundacja rodzinna jest bowiem podatnikiem CIT, przy czym przysługujące jej zwolnienie podatkowe nie ma charakteru bezwzględnego i podlega wyjątkom określonym w przepisach.

W praktyce prawidłowość rozliczeń fundacji rodzinnej może być weryfikowana przede wszystkim w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej. Ustalenia dokonane w toku kontroli mogą następnie prowadzić do wszczęcia postępowania podatkowego. Najmniej sformalizowaną formą są czynności sprawdzające, obejmujące najczęściej wezwanie do złożenia wyjaśnień lub przedstawienia określonych dokumentów. Kolejną formą weryfikacji może być kontrola podatkowa prowadzona przez naczelnika urzędu skarbowego. Co do zasady jej wszczęcie poprzedza zawiadomienie fundacji o zamiarze przeprowadzenia kontroli, chociaż przepisy przewidują od tej zasady liczne wyjątki.

Fundacja może również zostać objęta kontrolą celno-skarbową prowadzoną przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. Kontrola ta jest zazwyczaj wykorzystywana w sprawach wymagających pogłębionej weryfikacji rozliczeń lub w przypadku podejrzenia poważniejszych nieprawidłowości. Może zostać wszczęta bez wcześniejszego zawiadomienia kontrolowanego.

Skala działań kontrolnych wobec fundacji rodzinnych wyraźnie rośnie. Z dostępnych danych wynika, że w 2025 r. urzędy celno-skarbowe wszczęły 17 kontroli związanych z fundacjami rodzinnymi, natomiast od początku 2026 r. do końca sierpnia rozpoczęły kolejnych 18. Uwagę zwraca jednak nie tylko zwiększająca się liczba kontroli, lecz również szeroki zakres informacji, których organy oczekują od fundatorów – Źródło danych: „Dziennik Gazeta Prawna”, dane według stanu na sierpień 2026 r.

W kierowanych wezwaniach pojawiają się m.in. pytania o osoby uczestniczące w przygotowaniu struktury fundacji, okoliczności skorzystania z profesjonalnego doradztwa, a także o sporządzone wcześniej opinie, analizy i rekomendacje. Zakres każdego wezwania wymaga jednak indywidualnej oceny. Informacja o samym skorzystaniu z usług doradcy nie jest tożsama z ujawnieniem treści udzielonej porady. Żądanie przedstawienia opinii, analiz lub korespondencji z doradcą może natomiast wymagać zbadania z punktu widzenia tajemnicy zawodowej, zakresu obowiązku dowodowego oraz związku żądanych materiałów z przedmiotem prowadzonej procedury. Korzystanie z profesjonalnego doradztwa, w tym przy legalnym planowaniu sukcesji i struktury majątkowej, samo w sobie nie może być traktowane jako dowód nieprawidłowości.

Jak przygotować fundację rodzinną na kontrolę?

Najszersze możliwości działania fundacja ma jeszcze przed wszczęciem kontroli. Po jej rozpoczęciu zakres dostępnych działań ulega ograniczeniu. W pierwszej kolejności warto przeanalizować transakcje, które ze względu na swój przedmiot, chronologię lub powiązania z fundatorem, beneficjentami albo podmiotami powiązanymi mogą wzbudzić zainteresowanie organów podatkowych. Dotyczy to w szczególności wniesienia majątku do fundacji i jego późniejszego zbycia, wypłat na rzecz beneficjentów, pożyczek, najmu, świadczeń na rzecz fundatora lub członków jego rodziny oraz działalności mogącej wykraczać poza ustawowy zakres dozwolonej działalności fundacji rodzinnej. Analiza powinna obejmować dokładne odtworzenie kolejności zdarzeń, w szczególności momentu podjęcia decyzji, wniesienia majątku do fundacji, jego ewentualnej sprzedaży oraz sposobu rozdysponowania uzyskanych środków. To właśnie chronologia i wzajemne powiązanie poszczególnych czynności będą przedmiotem szczególnego zainteresowania organu.

Kolejnym krokiem powinno być uporządkowanie dokumentacji potwierdzającej cele i założenia działalności fundacji. Dotyczy to w szczególności uchwał zarządu, planów inwestycyjnych, dokumentów odnoszących się do reinwestowania środków oraz dokumentacji związanej z sukcesją. Materiały sporządzone przed dokonaniem danej transakcji mają zdecydowanie większą wartość dowodową niż wyjaśnienia przygotowane dopiero po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Należy również zweryfikować, czy umowy zawierane z fundatorem lub członkami jego rodziny, w tym umowy najmu, umowy pożyczki oraz umowy stanowiące podstawę wypłaty wynagrodzenia fundatorowi, beneficjentowi albo innemu podmiotowi powiązanemu, zostały zawarte w odpowiedniej formie, są należycie udokumentowane i przewidują warunki odpowiadające warunkom rynkowym.

W trakcie kontroli fundacja powinna przedstawiać wyjaśnienia spójne z dokumentacją i rzeczywistym przebiegiem zdarzeń. Należy przy tym uwzględnić, że organ może badać nie tylko formalną poprawność poszczególnych czynności, lecz także ich uzasadnienie gospodarcze, chronologię oraz rzeczywisty cel utworzenia i wykorzystania struktury fundacyjnej. Kontrola podatkowa kończy się z dniem doręczenia protokołu kontroli. Jeżeli fundacja nie zgadza się z zawartymi w nim ustaleniami, może w terminie 14 dni od jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując jednocześnie stosowne wnioski dowodowe.

Jeżeli kontrola celno-skarbowa dotycząca przestrzegania przepisów prawa podatkowego wykaże nieprawidłowości, kontrolowany otrzymuje wynik kontroli. W terminie 14 dni od jego doręczenia może złożyć deklarację albo korektę deklaracji uwzględniającą w całości lub w części ustalenia organu. Jeżeli nie skorzysta z tego uprawnienia, kontrola może zostać przekształcona w postępowanie podatkowe, w którym fundacja nadal może kwestionować ustalenia organu oraz przedstawiać argumenty i dowody.

Jeżeli ustalenia kontroli wskazują na nieprawidłowości, sprawa może być kontynuowana w postępowaniu podatkowym. Jeżeli natomiast zebrany materiał uzasadnia podejrzenie, że w sprawie mogą znaleźć zastosowanie przepisy przeciwko unikaniu opodatkowania, dalsze czynności w tym zakresie należą do właściwości Szefa KAS. W takim postępowaniu przepisy przewidują szczególne instrumenty pozwalające podatnikowi na cofnięcie skutków unikania opodatkowania. Możliwość ich zastosowania oraz wpływ na wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego zależą jednak od etapu i okoliczności konkretnej sprawy.

Nieprawidłowości w rozliczeniach fundacji mogą również wiązać się z ryzykiem odpowiedzialności karnej skarbowej osób, które faktycznie zajmują się jej sprawami gospodarczymi, w szczególności finansowymi. Odpowiedzialność ta nie powstaje jednak automatycznie i wymaga każdorazowego ustalenia zakresu obowiązków oraz winy konkretnej osoby.

Jak Mariański Group może pomóc w trakcie kontroli w fundacji rodzinnej?

Mariański Group wspiera fundacje rodzinne na każdym etapie czynności sprawdzających, kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej. Pomoc obejmuje w szczególności analizę ryzyk, przygotowanie strategii postępowania, opracowywanie wyjaśnień i pism procesowych, udział w kontaktach z organem oraz ocenę zasadności kierowanych do fundacji żądań. Kancelaria pomaga także przygotować zastrzeżenia do protokołu kontroli, ocenić skutki wyniku kontroli celno-skarbowej i prowadzić dalszy spór w postępowaniu podatkowym.